Kryzys eksportu produktów rolnych, który dotknął Wyspy Kanaryjskie w XVIII wieku spowodował recesję, która pogłębiła się przy późniejszym odzyskaniu niepodległości kolonii hiszpańskich w Ameryce.
W związku z tym faktem nastąpiły zmiany w hiszpańskiej polityce ekonomicznej ukierunkowane na protekcjonizm gospodarczy, czyli ochronę przemysłu krajowego przed konkurencją zagraniczną przez wprowadzenie wysokiego cła przywozowego i premii eksportowych. Wydarzenia te miały zgubny wpływ na gospodarkę Wysp Kanaryjskich, które handlując głównie z Ameryką, Afryką i Anglią, nie utrzymywały ścisłych relacji handlowych z terytoriami iberyjskimi.
Ponadto, okresowe susze doprowadziły do głodu i pomoru mieszkańców, szczególnie na mniejszych i niższych wyspach. W tym okresie władze większych wysp wprowadziły zakaz emigracji ludności, aby chronić się przed inwazją głodujących. W takich właśnie okolicznościach rozpoczął się prawdziwy exodus migracyjny na Kubę, do Portoryko i młodych republik amerykańskich.
W samym środku tego głębokiego kryzysu, który będzie trwał aż do połowy XIX wieku, zostały ustanowione teoretyczne podstawy tzw. wolnego handlu na wyspach, które postawiły na odmienny system ekonomiczny niż reszta Hiszpanii. Presje polityczne oligarchów rządzących na wyspach doprowadziły do powstania w 1852 roku Dekretu o Portach Wolnocłowych, który wprowadził system wolności handlowej na Wyspach Kanaryjskich. Ponownie handel stanął na nogi dzięki hodowli koszenili (owad żyjący na kaktusach z gatunku opuntia), z której uzyskiwano naturalny barwnik wykorzystywany w angielskim przemyśle włókienniczym. Nie trwa to jednak długo, gdyż od 1870 roku sztuczne barwniki wypierają koszenilę i sytuacja gospodarcza wysp wraca do punktu wyjścia.
Pod koniec XIX wieku Brytyjczycy wprowadzają do uprawy banany i pomidory. Kolonizacja europejska w Afryce i wzrastający ruch handlowy po raz kolejny czynią z portów kanaryjskich strategiczne punkty postojowe na trasach atlantyckich.
Innym istotnym elementem współczesnej historii Wysp Kanaryjskich była i jest rywalizacja między elitami miast Santa Cruz de Tenerife i Las Palmas de Gran Canaria o przewodnictwo. Podczas dyktatury Primo de Rivera w 1927 roku dochodzi do podziału archipelagu na dwie prowincje: wschodnią ze stolicą w Las Palmas de Gran Canaria i zachodnią – Santa Cruz de Tenerife. Spór na wyspach osłabił nacjonalizm kanaryjski, który był bardziej widoczny w koloniach Kanaryjczyków w Ameryce niż na samym archipelagu.
17 lipca 1936 roku generał Francisco Franco, wtedy jeszcze komendant główny Wysp Kanaryjskich, udał się z Las Palmas do Maroka Hiszpańskiego. Tam objął dowodzenie nad wojskiem, które poderwał do buntu przeciwko Rządowi II Republiki. Był to początek wojny domowej w Hiszpanii. Rok później na czele nowego rządu stanął lekarz Juan Negrín z Gran Canarii. Działania wojenne trwające do roku 1939, kończą się triumfem oddziałów Franco i wprowadzeniem dyktatury. Kończy się ona w roku 1975 wraz ze śmiercią generała.
Okres dyktatury wojskowej na Wyspach Kanaryjskich ponownie doprowadza do zerwania stosunków handlowych z innymi gospodarkami spoza Półwyspu Iberyjskiego. Będą to czasy biedy i emigracji, przede wszystkim do Wenezueli. Na początku lat 60-tych rozpoczyna się na wyspach masowa turystyka, jako nowa alternatywa ekonomiczna. Wtedy też pływał z Polski na Teneryfę i Gran Canarię Batory z wycieczkami orbisowskimi.
W 1972 ustanowiono Prawo o Systemie Gospodarczym i Skarbowym Wysp Kanaryjskich, które zarysowało ramy rozwoju archipelagu. Nie tylko zaktualizowało tradycyjny system przywilejów, ale także włączyło szeroki asortyment środków ekonomicznych i stworzyło własne dla Wysp Kanaryjskich Ministerstwo Finansów.